巧克力囊肿，是子宫内膜异位症的表现，子宫里面是不会有巧克力囊肿的，只会有子宫内膜异位病灶。而巧克力囊肿，专指卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿，如果比较小，小于3cm，患者年龄比较大的话，可以先药物治疗，短时间内不来月经，让囊肿萎缩。如果囊肿大于3cm，年龄比较年轻，还是应该做腹腔镜手术，切除巧克力囊肿的。子宫里面有内膜异位症，也可以用药物治疗，短时间内不来月经，让病灶萎缩、坏死，然后定期复查。总之，治疗方案的选择需要根据囊肿大小，患者需求，年龄，预后，平时症状等因素综合评估，选择最适合的治疗方案。